La enfermedad celíaca tiene una base genética, a veces esta enfermedad nace con un riesgo de padecerla, pero a veces no se expresa en la práctica.

El papel de los factores genéticos en la patogénesis de la enfermedad celíaca fue comprobada en la elevada concordancia en gemelos monocigotos, la mayor prevalencia en los familiares asintomáticos de primer grado de los pacientes celíacos y la importante asociación con algunos antígenos del sistema HLA.

Sin embargo a pesar de esto se desconoce aún la forma de herencia de la enfermedad celíaca, para expresarla se necesita saber con exactitud la coincidencia de los factores genéticos, antígenos HLA y de los ambientales, glúten  y de otros no bien conocidos.